Η χερσόνησος Ακρωτηρίου αποτελεί μια μοναδική φυσική περιοχή για την υλοποίηση των δράσεων του Κυπριακού Κέντρου Περιβαλλοντικής Έρευνας και Εκπαίδευσης.
Το αγρόκτημα Αγίου Νικολάου παρουσιάζει στοιχεία πολύ υψηλής οικολογικής αξίας. Μέσα στον χώρο του αγροκτήματος της Ιεράς Μητρόπολεως Λεμεσού βρίσκεται μια σημαντική έκταση της ακτής του Lady’s mile, που φθάνει μέχρι και τις όχθες της Αλυκής Ακρωτηρίου. Συνορεύει με τους σημαντικούς βιότοπους της περιοχής όπως την αλυκή και τους περιβάλλοντες αλοφυτικούς οικότοπους των αλμυρών ελών, που προστατεύονται από την ευρωπαϊκή οδηγία 92/43 ΕΕC για τους οικοτόπους, το πευκοδάσος στα δυτικά κ.α.
Οι οικολογικά σημαντικοί βιότοποι, που ανήκουν στην εκκλησιαστική ιδιοκτησία, εκτείνονται και μέσα στον περιφραγμένο χώρο του αγροκτήματος Αγίου Νικολάου και περιλαμβάνουν πολύ καλά διατηρημένους οικότοπους παρακτίων θινών, που προστατεύονται με βάση την ευρωπαϊκή οδηγία 92/43 ΕΕC συμπεριλαμβανομένων και υγρών κοιλοτήτων των θινών (οικότοπος 2190), που είναι ο σπανιότερος τύπος οικοτόπου της Κύπρου. Περιλαμβάνει επίσης τον υγροβιότοπο της Δεσποτικής Λίμνης, που αποτελεί τη νοτιότερη υδατοσυλλογή γλυκού νερού στην Κύπρο και είναι ιδιαίτερα σημαντική για τα μεταναστευτικά πουλιά, που την επισκέπτονται κάθε χρόνο καθώς και μεσογειακούς θαμνώνες και ιδιαίτερα σημαντικές φυτοκοινότητες σπάνιων ορχιδέων. Ακόμη παρουσιάζεται ένας μεγάλος αριθμός σπάνιων, απειλούμενων και ενδημικών ειδών.
Η συνολική έκταση της περιοχής της εκκλησίας είναι 555 εκτάρια και περιλαμβάνεται μέσα στις προστατευόμενες από τη Συνθήκη Ramsar εκτάσεις καθώς και στις προτεινόμενες για περίληψη στο Δίκτυο Natura 2000.